从上述的分析可以看出，“法人股个人持有”的问题解决主要是通过法律途径，法院将名义投资人持有的上市公司股份判决无效，并通过相关机构强制办理有关股份的变更登记手续。另外，双方进行友好协商，依然由名义投资人持有上市公司的股票，只是最终的处置收益等归实际出资人的个人股东所有。但是，在处理的过程中出现了，名义投资人的公司把股票过户给实际投资人的个人股东，权属已经发生了变更，相关的所得税如何处理等问题。《中国税务报》亦曾报道过类似的案例“大连市地税局某稽查局对辖区4户企业大小非减持事项进行了检查，其中1户企业在独立从事非流通法人股解禁减持业务后，按规定对买卖所得缴纳了企业所得税，但有3户企业由于事前将自身购买的法人股转给了自然人，引起了股票减持后的投资所得到底该缴企业所得税还是个人所得税的争议”。
国家税务总局公告2011年第39号的出台就是为了处理“法人股个人持有”的问题，纵观国家税务总局《关于企业转让上市公司限售股有关所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第39号，以下简称39号公告）的规定，基本上是本着实质重于形式的原则来处理的，同时也考虑到我国现实的税收实践的征管环境，解决了该类业务可能面临的重复征税问题。因此，39号公告规定“依法院判决、裁定等原因，通过证券登记结算公司，企业将其代持的个人限售股直接变更到实际所有人名下的，不视同转让限售股”，这样的规定是还原了业务实质，本来就是个人股东所有的，现在只是“完璧归赵”而已，不应该产生纳税义务。如果是名义投资人的企业继续持有，最终将其转让，为了便于税收征管，将名义投资人作为纳税义务人；如果将实际所有的个人股东作为纳税义务人，则可能会出现税收征收入库的一系列征管难题。
【广东甘化股权裁定案例】广东省江门市蓬江区人民法院于2008年4月18日作出了《广东省江门市蓬江区人民法院民事判决书[（2008）蓬民一初字第478-490、651、747号]》（以下简称“《判决书》”），具体判决内容如下：
江门市光华印刷有限公司等15家法人单位名下的1405524股江门甘蔗化工厂（集团）股份有限公司（深交所上市公司，股票代码“000576”，以下称“广东甘化”）的股份应确认为实际出资人黄锡湛等相关自然人所有，变更登记股东为黄锡湛等相关自然人。
根据已经发生法律效力的《判决书》，江门市蓬江区人民法院于2008年6月19日向中国证券登记结算有限责任公司深圳分公司出具了《广东省江门市蓬江区人民法院协助执行通知书（2008）蓬执字第577-591号》（以下简称“协助执行通知书”）及《广东省江门市蓬江区人民法院民事裁定书（2008）蓬执字第577-591号》（以下简称“裁定书”），具体协助执行及裁定内容如下：“登记在江门市光华印刷有限公司等15家法人单位名下的1，405，524股江门甘蔗化工厂（集团）股份有限公司的股份按面值变更登记到黄锡湛等529位实际出资认购人名下。”根据已经发生法律效力的的《判决书》，以及广东省江门市蓬江区人民法院于2008年6月19日向中国证券登记有限责任公司深圳分公司出具的协助执行通知书，中国证券登记有限责任公司深圳分公司已按相关规定将上述股份过户办理完毕。
【税务处理及评论】根据39号公告的精神，并依据法院的判决，登记在江门市光华印刷有限公司等15家法人单位名下的1，405，524股江门甘蔗化工厂（集团）股份有限公司的股份按面值变更登记到黄锡湛等529位实际出资认购人名下，江门市光华印刷有限公司等15家法人单位不作为股权转让行为处理，待黄锡湛等529位实际出资认购人转让广东甘化的股票时再按照相关的规定课征个人所得税。
（完）
文 徐贺
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